Phần 1: Trước khi Minh Trị nắm quyền
Sau những sự kiện cuối cùng xảy ra trong phiên bản Shogun 2 gốc, năm 1603 Tokugawa Ieysasu được phong là Chinh di đại Tướng quân (Shogun), lập ra Mạc Phủ Tokugawa (Shogunate). Trong suốt thời gian nắm quyền của nhà Tokugawa, do nhiều lý do, tầng lớp quý tộc...