Dùng itunes, chọn dòng "sync only checked songs and videos" thì nó sẽ xóa những bài bị trùng.
Sang tab music bỏ chọn "Automatically fill free space with songs"
Không thích iTunes thì dùng MonkeyAudio, trình này sync tốt mp3, không chơi được m4a thôi (bây giờ không biết có gì khác không chứ...