Nguyên tắc con đó điều khiển được mình và những đứa khác là vì tụi nó có nanomachine. Cái này thì lính thế hệ mới ai cũng có nano hết chỉ trừ thằng Johnny Akiba là không đeo nên nó không thể điều khiển được thằng này. Còn cái thuốc Naomi đưa là thuốc ngăn chặn Nano, nên nếu chích vào thì sẽ ngăn chặn Nano được trong thời gian ngắn.
Snake bị bệnh đau tim là do trong nanomachine có foxdie. Vamp bất tử là do hắn đã chết rồi mà được cứu sống và sống bằng nanomachine. Nanomachine được cài trên tất cả lính thế hệ mới, nó có thể giúp lính control được genetic, emotion control..., giúp có thể liên lạc được nhau từ xa, có thể biết vị trí của nhau, có thể kiềm chế được sự đau đớn khi bị trúng đạn. Mặt khác, nó cũng có thể giết người nếu có thứ virus cài vào nanomachine, vd là Foxdie. Liquid Snake có thể điều khiển được mọi thứ là nhờ hắn điểu khiển cái nano, làm sao hắn điều khiển thì mình chưa rõ, chỉ biết thứ hắn điều khiển là Guns of the Patriot