Yu-Gi-Oh giờ có 3 truyện:
Yu-Gi-Oh! nguyên gốc do Kazuki Takahashi sáng tác, đã xuất bản trọng bộ tại Nhật (38 tập, 343 chaps).
Yu-Gi-Oh! R do Akira Itou, một trong những thành viên trong nhóm sáng tác YGO nguyên gốc vẽ, dưới sự giám sát của Kazuki Takahashi để đảm bảo tuân thành cốt truyện. YGO! R xoay quanh sự trả thù của Tenma - đứa con của Pegasus và một số câu chuyện khác. Chữ "R" được giải thích là "Reverse", "Revolution", "Rebirth", hoặc "Retold". Chapter mới nhất được cập nhật bởi janime là chap 39.
Yu-Gi-Oh! GX do Naoyuki Kageyama viết và vẽ dưới sự giám sát của Kazuki Takahashi. Nhân vật chính là Jaden Yuki (Judai Yuki), câu chuyện kể về những ngày tháng trong Duel Academy (có thể gọi là trường dạy đấu bài). Cốt truyện liên hệ khá ít với 2 phiên bản YGO! còn lại, chỉ biết trong YGO! GX có đề cập đến sự kiện Yugi Mutou trao cho Judai lá bài Winged Kuriboh. Truyện hiện tại xuất bản đến tập 2 tại Nhật.