Timeline: 11/2018 nonary game lần 1, 18 đứa trẻ là 9 cặp anh chị em bị bắt để thực hiện thí nghiệm về morphogenetic fiel ( dạng như thần giao cách cảm) nhằm mục đích tìm thuốc chữa cho CEO của Cradle Pharmaceutical là Hongou (Ace), Hongou bị chứng ko phân biệt đuợc khuôn mặt con nguời, nhìn ai cũng như ai, nên muốn tìm hiểu cái morphogenetic field để tìm cách chữa. Cùng với 3 nguời khác nghiên cứu thấy năng lực này bộc phát khi tính mạng của mình hoặc nguời thân rơi vào trạng thái nguy hiểm, nên Hongou tách 18 đứa ra thành 2 nhóm, 9 đứa lên một con tàu, còn 9 đứa còn lại vào building Q một toà nhà đc xây ở sa mạc và cấu trúc y chang một con tàu. Nhiệm vụ là nhóm ở toà nhà phải giải đố, sau đó dùng cái field để chuyển tin ko thì sau một thời gian còn tàu sẽ chìm, nhóm kia sẽ chết. Akane đáng lẽ là thuộc nhóm ở building Q là nhóm phát thì lại bị bắt lên tàu, sau khi giải đc gần hết Seven một cảnh sát lén theo dõi và lên đc tàu mới cứu nhóm trên tàu sắp chìm, trong lúc chạy Akane đánh rơi món quà chuẩn bị cho Junpei, nên bị Hongou bắt được, quăng vào cái phòng thiêu, Akana phải giải một câu đố ko thì sau 3 hay 5 phút gì đó sẽ bị thiêu (câu đố là một cái sudoku mới vl), Akane ko giải được trong lúc gần die thì bộc phát sức mạnh, sử dụng cái field nhìn vào tất cả các tương lai có thể, và nhìn thấy 9 năm sau Junpei ngồi trong chính cái phòng thiêu và giải đc cái sudoku, Akane copy và thoát cùng với Seven và nhóm trên tàu. 9 năm sau, Akane bắt buộc phải tổ chức nonary game lần 2, năm 2028, vì 9 năm trước đã nhìn thấy tương lai, nếu Junpei tử ẹo giữa 9 năm đó thì coi như ko bao giờ có chuyện Junpei giải cái Sudoku cho Akane thấy, tạo ra paradox Akane cũng ko tồn tại. Nên nonary game lần 2 hay là chuyện xảy ra trong 999 là Akane tạo lại cái tuơng lai mà 9 năm trước đã thấy nhằm cứu bản thân khỏi paradox, nonary game lần 2 diễn ra ở building Q.
Sau đó Akane và anh trai Aoi lập ra Crash Key, dùng khả năng nhìn vào tương lai của mình để đầu tư chứng khoán, Junpei sau 999 thì bỏ học thành thám tử đi tìm Akane. 1 năm sau Free the soul một tổ chức đứng sau Cradle Pharmaceutical, tổ chức này chế ra một loại virus gọi là radical 6, ai bị nhiễm sẽ muốn tự tử mãnh liệt ko thể nào ngăn đc, theo report thì mars test site ở nevada nơi diễn ra zero time dilemma là nơi đầu tiên phát tán virus. Akane, Sigma, Phi đều là esper có khả năng jump giữa các timeline, đại khái là Sigma lúc ở timeline VLR là gần 7x sau đó jump đổi chỗ trí não ở zero time dilemma, body thì vẫn 2x nhưng trí óc kinh nghiệm tính cách là của 7x. Ở time dilemma mình chưa chơi đến true end nên ko biết chuyện gì xảy ra, nhưng có một timeline, Sigma thất bại trong việc ngăn chặn phát tán virus, thế virus tràn ra giết chết 6 tỷ nguời, Sigma mất 2 tay một mắt, akane đóng băng clover, alice, phi, cùng với Sigma lên mặt trăng lập căn cứ dẫn đến timeline VLR, trong suốt khoảng 40 năm tiếp theo Signa với Akane phát triển công nghệ làm cánh tay giả cho Sigma, làm Gaulem một dạng robot hình nguời phỏng theo Diana, và tạo ra nonary ambidex edition, năm 2078 sau khi hoàn thành thig Sigma già sẽ jump trở lại năm 2019 truớc khi xảy ra time dilemma, trong khi sigma trẻ trong xác già chơi nonary game ambidex editiin để lấy ability jump, thì sigma già trong xác trẻ sẽ cố ngăn chặn virus phát tán, nếu failed virus giết 6 tỷ nguời thì Sigma già jump trở lại thân xác già ở năm 2078, sigma trẻ trở về 2019 phát hiện mất 2 tay và thay bằng 2 cánh tay máy, sau đó lại cùng akane đem clover, phi, alice đóng băng lên mặt trăng xây căn cứ phát triển gaulem, làm nonary game ambidex edition xong lại jump về ngăn chặn, nếu failed thì tiếp tục vòng lặp
Giờ mới hiểu tại sao có thằng review nó bảo phải chơi 2 rồi mời chơi 3 vì story phần 2 gắn rất chặt với 3. Nếu như ZE 1 chỉ gắn tương đối thôi thì 2 và 3 có thể nói thẳng ra là "không có cái này thì không có cái kia".
. Còn vụ bê nguyên xi thì mấy ông tác giả thường viết truyện mind fuck lúc chuyển sang viết game hay bê nguyên xi lắm.....điển hình là cái Bravery Default trên 3ds được viết bới tác giả của Stein Gate cũng dùng plot vòng lặp đi lặp lại timeline giống y Stein gate 
