Covenant là một phi hành đoàn khảo sát + thám hiểm, được gửi tới khảo sát địa chất + điều kiện sinh thái của Origae-6, một hành tinh được cho là có điều kiện và tiềm năng lớn để trở thành một thuộc địa.
Kết quả khảo sát thuộc địa chấp nhận được, phi hành đoàn báo về, trái đất gửi tàu di cư gồm 2000 người đi lên Origae-6.
Trong quá trình Covenant trở về trái đất, khi đang tiến hành sạc năng lượng thì bị dính bão vũ trụ, tàu gặp sự cốkhông đủ khả năng sửa chữa để tiếp tục một hành trình dài trở lại trái đất, cơ trưởng xin tiếp viện và do nằm trong cùng lộ trình tàu di cư sẽ đi ngang qua nên cơ trưởng quyết định sẽ chờ tàu di cư đi qua để tiếp tế, cứu nạn.
Trong quá trình chờ tàu di cư tới tiếp tế, Covenant vô tình tiếp nhận được tín hiệu lạ, chuyện kỳ quái là giải mã tín hiệu thì đó lại là một bài hát của loài người ở trái đất, truy suất nguồn gốc tín hiệu thì nó được gửi đi từ một một hành tinh nằm trong vùng xanh của hệ sao gồm 5 hành tinh, nhiều tiềm năng hỗ trợ sự sống. Cơ trưởng và phi hành đoàn quyết định tìm hiểu nguồn gốc tín hiệu, đồng thời thành lập đội khảo sát thám hiểm, sự dụng tàu đổ bộ để khảo sát và đánh giá tiềm năng trở thành thuộc địa của hành tinh này.
Trong quá trình thám hiểm, đội khảo sát chia thành 2 đoàn, một đoàn đi khảo sát địa chất + tìm tới tận vị trí nguồn phát ra tín hiệu lạ kia, số còn lại gồm 1 nhà sinh vật học, y tá kiêm lái tàu và một nhân viên an ninh ở lại khu vực gần tàu để khảo sát sinh thái. Trong quá trình khảo sát sinh thái, nhà sinh vật học thu thập được một số loại thực vật và đặc biệt không thấy có động vật sống, mặc dù điều kiện về khí quyển và hệ thực vật gần như tương đồng với trái đất. Nghi ngờ điểm kỳ lạ này của hệ sinh thái, nhà thực vật học quyết định đem vài mẫu vật về phòng thí nghiệm dã chiến trên tàu đổ bộ để kiểm tra. Trong quá trình xem xét một loại thực vật hình cầu, giống nấm, một chút bào tử nấm màu đen bay ra, và bám lên vai áo bảo hộ của cô. Khi kiểm tra xong, nhà thực vật học tháo kính bảo hộ, và khẩu trang ra, chợt nhìn thấy một chút bụi đen trên áo, trong vô thức, cô chạm tay vào, bụi bào tử bay nhẹ lên, có một đám tụ lại rất nhỏ, chui vào lỗ tai nhà thực vật, cảm thấy hơi rùng mình, nhà thực vật học không biết mình đã bị lây nhiễm.
Đoàn khảo sát địa chất tiến tới gần vị trí được cho là nguồn phát tín hiệu, họ rất ngạc nhiên trước khung cảnh nơi đây, nguồn phát tín hiệu có vẻ như từ một dạng tàu du hành vũ trụ hình lưỡi liềm,tuy nhiên nó đã bị hỏng nặng sau va chạm và bên cạnh xác tàu, mọc rất nhiều dạng thực vật giống hoa, có màu tím biếc, rất bắt mắt. Vì tò mò, một nhân viên an ninh đi phía sau vô thức bỏ mặt nạ bảo hộ, kéo một bông lên ngửi, cơ trưởng trông thấy, chưa kịp ngăn cản thì anh ta đã hít một hơi... Cơ trưởng mắng anh ta té tát vì vi phạm quy định an toàn, nhưng anh ta thì lại cho rằng cơ trưởng đã quá cẩn thận... Tiếp tục tiến vào trong xác tàu vũ trụ đã hỏng kia khám phá... (đoạn này giống trong phim) cơ trưởng nhận được điện đàm thông báo nhà sinh vật học ở tàu có biểu hiện lạ về sức khỏe, cả nhóm tức tốc quay trở về vị trí đổ bộ, trên đường đi, nhân viên an ninh khi nãy cũng bỗng dưng có biểu hiện lạ...
Đoạn kế tiếp có thể diễn biến gần giống trong phim. Neomorph sinh ra, giết chết nhà thực vật học, viên phi công kiêm y tá cố gắng cứu chữa cho nhà thực vật học, sau đó bị Neomorph giết chết, nhân viên an ninh của nhóm này sử dụng súng bắn trùng Neomorph nhưng lại khiến máu acid gây thủng sàn tàu và thủng tới khoang nhiên liệu, gây nổ tàu.
Đoạn tiếp có thể diễn biến giống trong phim nhưng sửa lại để cơ trưởng bớt ngu đi một chút.
Tới đoạn cuối, David giả dạng Walter, cùng 2 thành viên sống sót của phi hành đoàn là Daniel và Râu xồm quay lên tàu thám hiểm được neo ở quỹ đạo, ở đây, họ quay về kén ngủ, chờ tới lúc tàu di cư đi ngang qua.
Những người sống sót của Covenant cuối cùng cũng chờ được tàu di cư tới đón. Nhưng bất ngờ lần nữa, chào đón họ lại là một android giống hệt Walter và David, phi hành đoàn của tàu di cư vẫn đang trong chu kỳ ngủ đông. Tàu phát hiện dạng sống lạ, trong lúc hỗn loạn, Daniel cùng Râu xồm và android của tàu di cư dồn Protomorph thì Walter giả lại lén hủy quy trình đánh thức phi hành đoàn, khiến họ bị rơi vào giấc ngủ sâu mãi mãi. Trong quá trình dụ và đẩy Protomorph ra ngoài không gian, android của tàu di cư bị cuốn theo...
Kết như trong phim.
