cốt truyện là thế này nhé:
[spoil] từ xưa rất xưa thì đã có một nền văn minh cổ đại dc người nay gọi là TWCB (cứ cho là alien đi), họ cũng là con người, nhưng công nghệ và trí tuệ thì vượt bậc. họ chế tạo ra PoE để tạo dựng và điều khiển mọi thứ, sau đó họ chế ra con người để cho con người làm nô lệ cho họ.
con người chỉ có 5 giác quan đó là nghe,nhìn,nếm,chạm,hưởi, trong khi đó TWCB thì có giác quan thứ 6 đó là kiến thức. trong một hôm đẹp trời nào đó thì giữa giống người này với người thường xyz với nhau, cho ra thêm một loại người đó là nửa người cổ đại nửa người thường, nhóm người này khỏe mạnh hơn nhóm người thường và họ có giác quan thứ 6, do là ADN giữa 2 dòng hợp với nhau nên giác quan thứ 6 ko thể nào dc hoàn chỉnh như gốc của người cổ đại.
về sau Adam và Eve là 2 người mang dòng máu nửa người nửa alien này, do ko chịu dc cảnh người của mình bị làm nô lệ nên 2 người này là 2 người đầu tiên chống đối lại TWCB, ăn cắp PoE để giải phóng mọi người.
sau thì ko biết chuyện gì xảy ra, chỉ biết là đã có chiến tranh giữa 2 giống người này. về sau thì TWCB tiên đoán rằng mặt trời một ngày nào đó sẽ trút thảm họa lên trái đất. để ngăn chặn việc này họ làm ra 6 trái PoE và tạo ra các Vault để chứa đựng kiến thức của họ, nhưng khi chưa đâu vào đâu thì thảm họa xảy ra, mặt trời thiêu rụi trái đất.
trong đó thì còn vài ngàn người thường sống sót, nhưng chỉ còn rất ít người thuộc TWCB còn sót. để sinh tồn, 2 giống người này phải giúp đỡ nhau xây dựng lại trái đất, vì thế sau cơn thảm họa số người nửa người nửa alien còn rất ít.
sau đó thì họ dự đoán rằng vào 2012, mặt trời sẽ gieo tai họa thứ 2 lên, giờ đây chả còn bao nhiêu thần thánh để giúp đỡ loài người nữa nên họ phải trông cậy vào nhóm người nửa người nửa alien, trong đó có Desmond là con cháu của Adam và Eve, nay có nhiệm vụ phải kiếm 6 trái PoE và Grand temple để tiếp thu kiến thức của TWCB để ngăn chặn tai ương sắp tới[/spoil]