Đến ngày 17/4/2012, UBND TP.HCM có Quyết định về việc duyệt giá trị quyền sử dụng đất là 204,2 tỷ đồng. Đến ngày 17/4/2015, Công ty Cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát đã nộp đủ số tiền trên.
Cơ quan thanh tra chỉ ra rằng, UBND TP.HCM không tính doanh thu bãi đỗ xe theo quy định tại điểm 4.4.3, Mục 4.3, chương 4, quy chuẩn xây dựng Việt Nam theo quyết định số 04/2008 ngày 3/4/2008 của Bộ Xây dựng quy định về diện tích đậu xe mô tô tối thiếu là 3m2/xe, đối với xe ô tô còn là 25m2/xe. Như vậy, việc không tính doanh thu đỗ xe sẽ làm giảm giá trị quyền sử dụng đất phải nộp cho nhà nước tạm tính là 1.191 triệu đồng.
Ngoài ra, TP.HCM áp dụng suất đầu tư không đúng đối với công trình hạ tầng kỹ thuật có quy mô nhỏ hơn 20ha được quy định tại Bảng giá tiêu chuẩn ban hành kèm theo Quyết định số 66/2012 của UBND TP.HCM là 590 nghìn đồng/m2. Việc này làm tăng chi phí đầu tư hạ tầng, dẫn tới làm giảm giá trị quyền sử dụng đất số tiền là 179,3 triệu đồng.