Map Volga đầm lầy là có ghe. Map Caspian sa mạc là có xe jeep. Chỉ có hai map cuối và cái boongke ở Yamatau thì tuyến tính với khá ngắn nên không có.
Một giống người đột biến thông minh có khả năng mind control, tàng hình, telekinesis gọi là Dark One tìm tới để liên hệ với loài người tại Metro nhưng vì tụi nó không tương thích với mấy người khác hay sao đó mà giao tiếp với ai là người đó lên cơn khùng, bị loạn trí, ảo giác và giết lẫn nhau. Trạm của thằng Artyom là trạm tiếp theo có nguy cơ bị Dark Ones "tấn công" nên chú nuôi của Artyom tên là Hunter tình nguyện đi do thám tình hình và báo với hội Spartan để giải quyết tụi Dark Ones. Hunter đưa cho Artyom thẻ bài của mình và bảo nếu sau 3 ngày chưa thấy chú về thì cháu chạy đến Polis (trạm thủ phủ chứa chính quyền kiểm soát toàn Metro) tìm đại tá Miller của hội Spartan nhờ họ giúp đỡ. Sau 3 ngày Hunter không về nên Artyom lên đường vượt qua 7749 kiếp nạn tìm Miller. Tại Polis, Miller bảo Artyom là có một trạm tên lửa bí mật nằm dưới lòng Moskva nhưng thông tin tọa độ cái trạm tên lửa lẫn mã phóng nằm trong boongke bí mật trong thư viện đảng của thành phốvà xúi Artyom liều chết kiếm hồ sơ đó cho Miller. Sau đó cả 2 xác định được trạm tên lửa kiêm boongke đó tên là D6 và dẫn hội Spartan tới dọn ổ quái trong đó. Sau khi chiếm được D6 thì cả 2 cùng anh em tiếp tục vượt kiếp nạn cuối cùng để leo lên đỉnh một tòa tháp cao để dẫn đường cho tên lửa vào ổ của tụi Dark Ones giết chết phần lớn tụi này. Artyom sau đó được đại tá Miller cho đặc cách gia nhập vào hội Spartan mà không cần qua huấn luyện.
Phần 2 bắt đầu một vài tuần sau khi phần 1 kết thúc.