Đoạn cuối đúng là hơi rush và khiên cưỡng.
Do Flavius (the Lion) là lãnh đạo của Order of the Ancient, lúc này đang ở cạnh Caesar. Kế hoạch ban đầu của Order of Ancient là ủng hộ Ptolemy em, lợi dụng Caesar ủng hộ (do Flavius đang ở cạnh Caesar) để giết Cleopatra. Do đó gần cuối game, đích thân Septimius đi giết Pompey (đồng minh của Cleopatra). Éo ngờ đc là Cleopatra dùng mỹ nhân kế dụ dỗ được Caesar. Từ đó cốt truyện bị chia ra 2 nhánh:
- Flavius (Lion) lợi dụng Cleopatra (thông qua Bayek và Aya) để tìm ra lăng mộ Alexander the Great - tìm ra cách mở Vault ở Siwa.
- Septimus (Jackal) do ủng hộ Ptolemy nên tấn công Alexandria để giết Cleopatra.
Tuy nhiên éo ngờ là phe Cleopatra và Caesar có Aya và Bayek nên kế hoạch bị thọt

Cuối cùng Flavius giật dây để Caesar không giết và tiếp tục trưng dụng Septimius, Cleopatra thì chấp nhận để Order of Ancient lợi dụng.