Thực tế, Atlus đã báo lỗ trong nhiều năm trước đó, nhưng điều này không liên quan đến việc công ty hoạt động kém hay game của họ không bán được. Khi Sega mua lại Atlus cùng công ty mẹ Index Corporation (lúc đó đang phá sản) vào năm 2013, Sega đã chi ra số tiền cao hơn giá trị thị trường thực tế. Điều này thường xảy ra khi công ty được mua có giá trị “vô hình” lớn như danh tiếng thương hiệu, kiến thức nội bộ, cộng đồng người hâm mộ trung thành, v.v.
Kết quả là thương vụ này tạo ra một khoản "thiện chí thương mại" (goodwill), và Atlus buộc phải ghi giảm dần khoản này qua các năm. Chính điều này đã làm giảm lợi nhuận báo cáo của Atlus một cách giả tạo trong vài năm gần đây (dù thực tế công ty vẫn hoạt động rất tốt).